Marc Paquien débute la mise en scène avec « La Mère de Witkiewicz » au Théâtre Gérard-Philipe de Saint-Denis, puis « Face au mur » et « Cas d'urgences plus rares » de Martin Crimp au Théâtre national de Chaillot. Il reçoit pour ces deux spectacles le « Prix de la révélation théâtrale de la mise en scène », décerné par le Syndicat de la critique. Il met ensuite en scène « Le Baladin du monde occidental » de John Millington Synge au Théâtre national de Chaillot, l’opéra « Les Aveugles » de Xavier Dayer d’après Maeterlinck avec l’Atelier lyrique de l’Opéra national de Paris, puis « La Dispute de Marivaux » à la MC93 Bobigny. Pour le Festival Odyssées, il crée le texte jeune public « L’Assassin sans scrupules » de Henning Mankel. Il crée en France « La Ville de Martin Crimp » au Théâtre des Abbesses et dirige à nouveau les chanteurs de l’Atelier Lyrique dans « Le Mariage secret de Cimarosa » à la MC93 Bobigny, puis dans « L’Heure espagnole » de Ravel au Théâtre Impérial de Compiègne. Pour la troupe de la Comédie-Française, il met en scène au Théâtre du Vieux-Colombier « Les affaires sont les affaires » d’Octave Mirbeau, au Studio-Théâtre « La Voix humaine » de Jean Cocteau, puis « Antigone » de Jean Anouilh au Vieux-Colombier et à la Salle Richelieu, ainsi qu’en tournée en France.

Suivront « Les Femmes savantes » de Molière au Théâtre de la Tempête, « Oh les beaux jours » de Samuel Beckett en tournée en France, en Belgique et au Canada, et au Théâtre de la Madeleine, « La Locandiera » de Goldoni en tournée en France et au Théâtre de l’Atelier, puis « Et jamais nous ne serons séparés » de Jon Fosse au Théâtre de l’Oeuvre. Au Théâtre des Bouffes du Nord, il met en scène « Molly Bloom » de James Joyce et « La Révolte » de Villiers de l’Isle-Adam. Dernièrement, il a mis en scène « Les Voisins » de Michel Vinaver au Poche-Montparnasse, « Les Fourberies de Scapin » de Molière en tournée en France et « Constellations » de Nick Payne au Théâtre du Petit Saint-Martin. En 2017, il met en scène « Phèdre », opéra de Lemoyne, au Théâtre de Caen et au Théâtre des Bouffes du Nord. Pédagogue, il intervient aussi régulièrement dans les écoles nationales en Suisse et en France.